세무조사는 성실자진신고납부 및 납세협력을 보장받기 위한 적극적인 행정행위이다. 또한 자진신고납부제도의 확장은 행정의 효율성과 비용 절감을 가져온다. 즉, 자신신고납부제도 시행 초기에는 납세협력비용이 증가하게 되지만, 납세조합을 결성한다든지 또는 시간이 지남에 따라 납세자의 경험이 축적되면 그 비용이 줄어들게 되는 장점이 있다. 따라서 납세자의 자발적인 의사에 따라 조세를 부담하는 성실자진신고납부제도는 민주적인 선진 세무행정의 방향이라고 할 수 있다.

한편 우리나라의 경우 1966년 국세청 개청이후로 세무조사가 계속되어 왔으나 아직까지도 세원포착률이 60% 정도의 수준으로 납세수준은 선진국에 비해 크게 낮은 실정이다. 따라서 국세청의 세무조사가 그 적용에 있어서 합리적ㆍ과학적 방법으로 진행되어야 할 것이다.

본 연구에서는 현행 세무조사제도의 실태와 문제점에 대해 살펴보는 것이 매우 중요한 의미를 갖는 것으로 보고 다음과 같은 개선방안을 제시하였다.

첫째, 세무조사에서 가장 중요한 업무는 조사대상자의 선정으로서 객관성과 공정성을 갖는 합리적 기준에 의하여 선정되어야 한다.

둘째, 세무조사가 다른 행정목적 달성수단으로 남용되는 경우가 많은데 행정지도나 다른 법률에 의하여 그 목적을 달성할 수 있는 사안에 대하여는 세무조사를 자제해야 한다.

셋째, 세무조사 대상의 합당한 선정 및 조사의 실효성을 높이기 위하여 정보수집 능력을 강화할 필요가 있다.

넷째, 5년마다 시행되는 법인 정기세무조사에서 매년 법인개별로 서면분석할 경우 세무조사 후 2~3년차에 조세회피에 대한 유인 가능성을 낮출 수 있을 것으로 기대된다.